항공기시스템공학전공에서는 항공기 기체, 동력장치 및 전기전자, 계기, 유공압, 제어계통 등 보조 장비들을 포함하는 항공기 전체 시스템의 구성과 작동원리를 이해하고 이를 바탕으로 항공기 시스템 설계 및 항공기를 유지보수 할 수 있는 능력을 갖춘 특화된 항공기 시스템 전문 엔지니어 양성을 목표로 하고 있다. 이를 위하여 항공기 설계, 제작 및 정비 유지의 일련의 과정에 대해 기본이론과 함께 실습을 병행함으로써 실무능력을 갖추도록 한다. 또한 항공기시스템의 비행안전성을 보장하는 항공기 인증제도, 시험평가 및 기술표준에 대한 지식을 가진 체계공학 엔지니어 양성을 위해 관련과목을 추가하여 교육한다. 따라서 졸업 후 항공기 설계, 제작, 정비 및 항공운송사업 현장에서 이론과 실무가 접목된 엔지니어 활동이 가능하도록 한다.